
Papieże byli w swoim czasie jednymi z pierwszych, którzy umożliwiali publicznie oglądanie swoich przedmiotów artystycznych.
Obecnie muzeum posiada znacznie szersze zbiory i obejmuje kompleks budynków, mając swój początek w XVIII wieku począwszy od papieża Klemensa XIV i Piusa VI.
Pio-Clementino Muzeum nazwany imieniem założyciela, dalszy rozwój odbywał się pod kierownictwem Piusa VII. Dołączyły Museo Chiaramonti i galeria braccio Nuovo (nowe skrzydło). Muzeum gromadzi prace mistrzów rzeźby szczególnie starożytnej Grecji i Rzymu, ale także można znaleźć starożytne mozaiki. Osiąga ponad 54 metry, zaś ostatni znajduje się w Kaplicy Sykstyńskiej. Chiaramonti Muzeum imienia papieża Piove VII. Chiaramonti powstało na początku XIX wieku i umieszczone są tam głównie rzeźby, fryzy i sarkofagi.
W 1836 Pope Gregory XVI w Etrusków Museum (Museo Etrusco Gregoriano). Jak sugeruje nazwa, jest to zbiór obiektów Etrusków z wykopalisk archeologicznych. Zajmują 22 pokoje (rzeźby, płaskorzeźby, ceramika, przedmioty z brązu, sarkofag i inne).
Podobnie, koncentruje się w Muzeum Egipskim, założona przez samego Papieża w 1839 roku. Można zobaczyć stare papirusy, posągi, stele, mumie zwierząt, jak również znane i legendarne Księgi Umarłych. W dwóch z dziewięciu pokojach są także znaleziska z Mezopotamii, Syrii i Palestyny.
Pinacoteca Vaticana przechowuje ważne malarstwo, obrazy autorów takich jak Michał Anioł i Rafaello.
Godne uwagi są mapy w Galerii z mapami topograficznymi z całych Włoszech. Czterdzieści map malowane przez mnicha Ignazio Dante na ścianie w XVI wieku. Praca trwała 3 lata (1580 - 1583) i wszystkie mapy zajmują 120 metrów sali.